এসএসসি ও সমমান পরীক্ষার ফরম পূরণে সরকার নির্ধারিত ফি-র অতিরিক্ত টাকা আদায় করে তা "কেন্দ্র ফি" হিসেবে চালিয়ে দেওয়া হচ্ছে। রেজিস্ট্রেশনের পরে বোর্ড থেকে পাঠানো প্রবেশপত্রের জন্য ২০০ টাকা করে দাবী করা হয়। টেস্ট পরীক্ষার পর মাদ্রাসায় আয়োজিত কোচিংয়ে সবাইকে বাধ্যতামূলকভাবে অংশ নিতে হয়; কেউ কোচিং না করলেও তার থেকে জোরপূর্বক ফি আদায় করা হয় এবং টাকা না দিলে প্রবেশপত্র আটকে রাখা হয়। এমনকি পরীক্ষা শেষে অন্য প্রতিষ্ঠানে ভর্তির জন্য প্রশংসাপত্র নিতে গেলে নিয়মবহির্ভূতভাবে ১,০০০ টাকা দিতে হয়, যা সাধারণ ফি-র দ্বিগুণ। সবশেষে বোর্ড থেকে প্রাপ্ত মূল মার্কশিট তুলতেও ৫০০ টাকা করে দাবী করা হয়। এটা হচ্ছে নয়াটোলা এ ইউ এন মডেল কামিল মাদ্রাসা